《学园孤岛》是由主演的一部动漫片，巡之丘学园生活社成员的丈枪由纪，将与顾问老师佐仓惠、社长若狭悠里及随身带著圆锹的恵飞须泽胡桃一起度过乍看之下快乐无比的校园生活。但事实上学校早已被一群僵屍所包围，但由纪却犹如失忆般的活在正常生活的幻想之中。其馀成员们为了保护她，必须一边与渐渐进逼的僵屍及生活问题对抗，一边维持正常学生生活以避免刺激到由纪。一场在幻想与现实中交错的故事，一群少女身处在名为学园的孤岛上的艰困生活才正要开始……