《铁腕巴迪 DECODE 第二季》是由主演的一部动漫片，宇宙联邦搜查官巴迪·希冯为追寻神秘大规模杀伤武器「伦加」而来到地球，但在一次搜查行动中，却误把地球少年千川勉的身体组织破坏。巴迪惟有用自我的躯体暂时安置功的精神意识，在功的身体复原之前，他们俩过上了“二心同体、吴越同舟”的共同生活。而随着时间的推移，地球正面临着巨大的危机当中，他们要怎么化解这场浩劫？……