《超剧场版 Keroro军曹3 Keroro 对 Keroro 天空大决战》是由主演的一部动漫片，某个优闲的日子里，冬树与KERORO小队一起去参观印加帝国遗迹。他们在那里进入了一个迷宫，但Keroro粗心大意地误触了连串陷阱，大家只能赶快往前奔跑逃命。而冬树就在逃跑的同时，瞥见了一个伫立在迷宫之中，一动也不动的神秘少女。冬树就这样带着对少女的疑问回到了东京渐渐了遗忘这个事情。然而，最强的敌人就在此时无预警的现身。这个敌人的相貌竟然跟Keroro无甚大分别，并且准备好带着优秀的部下，开始展开侵略世界各地。蓝星的命运将会如何？Keroro小队又能否挺身而出，再次成功保卫地球吗？