《小魔女学园》是由主演的一部动漫片，从小就对魔术表演深深着迷的阿科，入院进入了欧洲的魔女培养名校“露娜诺娃魔法学校”进行学习。但与巨大的期待相反，每天的授课意外地无聊。决心要打破魔法界保守的氛围，夺回梦寐以求的魔法的阿科，却遭到周围的冷眼嘲笑，甚至连课业也止步不前。而她唯一的队友就只有室友兼好友的萝特和苏西二人。就在这样日子里的某一天，学校发生了件不得了的大事件。手握着解决这措手不及事件关键的阿科，同萝特和苏西一同面对着学校分崩离析的危机！