《怪医黑杰克21》是由主演的一部动漫片，21年前，在未爆炸弹事故中濒死负重伤的间黑男。在不屈的复健治疗中复活，现在作为天才外科医生“黑杰克”活跃在医学界。某天，没有音信的父亲突然出现了。舍弃了母亲和年幼的黑男的父亲在21年后再会。紧接着，黑杰克的家遭人爆破。不久后，黑杰克诞生的背后隐藏着冲击的事实变得明朗。动摇世界的巨大阴谋与他自身命运的战斗现在开始！