《超剧场版 Keroro军曹》是由主演的一部动漫片，某日，感情融洽的冬树与Keroro一起外出购买钢普拉。不料在回家的路上，误闯一间神秘小庙。冬树对这个古文明遗址感到兴奋不已的同时，Keroro却不小心打破了一个壶状物体。顿时萌生不祥预感的两人，匆促慌张地掉头跑回家。不久，Keroro和冬树脸上浮现“╳”印记。随着时间流逝，周遭的人们也开始在脸上浮现“╳”印记。这些有印记的人，仿佛拥有念力，能够随心所欲地让其他人也浮现“╳”印记。这项不可思议却很方便的能力深受人类喜爱，转眼间就扩散开来。这时候，现身的外星人Mirara表示，“╳”印记是一个名为Kiruru的古代武器，它会吸收人类的负面能量，毁灭地球。但是由于“╳”印记并未带来不好的影响，冬树和Keroro小队并未将这句话放在心上。稍后，Kiruru开始巨大化...