《ID-0》是由主演的一部动漫片，I-Machine——那是在极限环境下作业的大型机器人的总称。联盟学院学生三栗麻耶在使用I-Machine的途中被卷入事故，得到驾驶着I-Machine、如同海贼一般挖掘欧利哈特矿石的埃斯卡维特公司的宇宙船的帮助，并演变成要身为公司的一员进行工作的局面……。在各有特点的成员们当中生活的同时，麻耶开始逐渐了解何为“人类”。——隐藏在失去的记忆中的，是希望还是绝望——。